Correggilo così:
codice:
int main ()
{
	char *cmd;
        cmd=(char*)malloc(100*sizeof(char));
	while(1) {

		scanf("%s", cmd);
		
		if (!(strcmp(cmd, "start"))) {
			start();
		}
		else if (!(strcmp(cmd, "stop"))) {
			return 0;
		}	
		else {
			printf("Comando non riconosciuto\n");
		}
	}
	
	return 0;
}