query da eseguire:
ALTER TABLE table_name ADD COLUMN tuoid INTEGER AUTO_INCREMENT UNIQUE KEY;

questo lo rende autoincrementale e con un valore non duplicabile,
poi dipende dalla tua struttura di tabella se è anche primary key o meno; questa è la linea guida:

nome_colonna tipo [NOT NULL | NULL] [DEFAULT valore]
[AUTO_INCREMENT] [UNIQUE [KEY] | [PRIMARY] KEY]
[COMMENT 'commento'] [reference_definition]

dai un occhio anche qua => http://database.html.it/guide/lezion...ase-e-tabelle/

ciao