Si, uso un makefile che non mi è possibile modificare, per quello ho un po' le mani legate.
Avevo pensato pure io a sistemare manualmente gli include, ma volevo evitare di perdere tanto tempo a compilare il gcc manualmente specificando i path corretti e a correggere eventuali errori...insomma sfruttare gcc dato da repository per il mio lavoro mi fa comodo.
Poi ho pensato di aggiornare manualmente il link alle risorse, ma in pratica all'utente non è permesso (o non ho trovato io come).
Poi ho visto (dopo parecchio) che è un errore noto e alla fine ho detto (per tagliare la testa al toro) visto che ho appena formattato e non perdo molto faccio prima a fare il downgrade.

La cosa strana è che da una

uname -a

viene fuori un sistema linux a 32 bit, ma i riferimenti gcc scaricati sono tutti amd64