Grazie ho sistemato alcune cose in questo nuovo codice,
però risolto questo problema rimangono gli altri 2 e sene è aggiunto un altro, ossia che dopo aver inserito a, b non mi appare niente a schermo (a=13 e b=14 quindi non deve fare neanchela fattorizzazione in fattori primi dato che se a=primo mi dovrebbe dare subito MCD :1) ma così non è.
Volevo rettificare una cosa: i numeri primi che cerca sono i primi 1'000 e non i primi 100'000 come affermato in precedenza.
faccio apparire i numeri primi a schermo solo in questa bozza di programma, perchè in quello completo non dovrà apparire.
codice:
//Calcolo del MCD usando il metodo tradizionale
#include<stdio.h>
main()
{
   int a, b,i, j, primo, MCD;
   printf("Calcolo del MCD tra 2 numeri:\n\n");
   for (i=2; i<=100; i++)
      {
          primo= 0; //Inizializzazione della variabile primo 
            for(j=2; j<i; j++)
            {  
                 if(i%j!=0)//Scorre tutti i divisori del numero i(dal numero 2)
                 { 
                      primo++; 
                 }
            }
                     if (primo==i-2)
                     {//Se tutti i numeri precedenti(all'i-esimo numero) divisi per l'i-esimo numero
                      //hanno dato resto diverso da 0 
                      printf("%d\t", i); //Allora l'i-esimo numero è un numero primo
                     }
       }
   printf("\n");
   printf("Inserire il primo numero intero non negativo:\n");
   scanf("%d",&a);
   printf("Inserire il secondo numero intero non negativo:\n");
   scanf("%d",&b);      
   if(a==b)
   {
        MCD=a;
        printf("Il MCD tra %d e %d e\':%d",a,b,MCD);
   } 
   else
   {
        if(a==primo)
        { 
            printf("Il MCD tra %d e %d e\':1",a,b); 
        }
        else
            {
                if(b==primo)
                {
                    printf("Il MCD tra %d e %d e\':1",a,b);
                }
                else
                {
                    //Fattorizzare in numeri primi
                }
            }
    }                             
system("PAUSE");
}