Puoi fare una copia del vettore in un altro array temporaneo.
In un for che va da 0 a strlen(s)-1 (s = stringa che stai considerando, in pratica scandisci l' intera stringa), usi una variabile k che è inizialmente uguale a zero e fai così:
1)Se il carattere è diverso da "#" lo copi nel vettore termporaneo, in posizione k e incrementi k;
2)Altrimenti se il carattere è "#" non lo copi.

E' semplice, ti basta un for con un solo if all' interno.