Le parole le hai già in un solo array, che è var.
Solo che se lo stampi ti stampa solo la prima parola, perchè devi prendere il token successivo, questo lo puoi fare usando di nuovo la strtok passandogli NULL come argomento:
codice:
var=strtok(vettore,"#");
while(var!=NULL)
{
    printf("%s\n",var);
    var=strtok(NULL,"#");
}
L' esempio c' era nel link della strtok che ho postato.