I nuovi tags sostituiscono i precedenti anche se, nel caso in cui volessi proprio essere un purista della semanticità, in alcuni casi la sovrapposizione di ruoli tra il vecchio DIV con id=content e il nuovo ARTICLE non è proprio totale.... (se leggi bene in giro sui libri, avrai maggiori dettagli in merito).

A parte questo però, se non vuoi proprio fare il filosofo, puoi tranquillamente sostituire il classico <DIV id='header'> con il nuovo <HEADER> ed essendo comunque un tag in tutto e per tutto gli puoi assegnare uno stile via css senza dover aggiungere id o classi, ma solo usando il tag stesso come selettore. Ovviamente nessuno ti impedisce di scrivere <HEADER id='header'> ma non avrebbe molto senso....