Nel caso il file esista, se devi scrivere solo in coda puoi aprire il file in modalità "append", FileWriter ha un costruttore apposito, quello dove il secondo parametro è un valore booleano, leggi la documentazione: http://docs.oracle.com/javase/7/docs...le,%20boolean).

Almeno ti eviti una lettura inutile.

Counque il codice che hai postato non mi sembra corrisponda alla tua descrizione del problema: nel caso il file esistesse già, non ci scrive nulla sopra, legge soltanto.