La pagina "di comando" dovrebbe salvare le impostazioni da qualche parte sul server che ospita le pagine, in un data-base o in un file testuale.
La pagina principale dovrebbe leggere le impostazioni dal server per applicare le modifiche.
Se le modifiche devono essere apportate "in tempo reale", senza refresh, puoi fare delle richieste asincrone (ajax) per leggere le impostazioni ed applicarle alla pagina.

HTML5 prevede delle funzioni che semplificano questi passaggi, ma sono ancora poco supportate dai browsers.