Se alla variabile conteggio tu assegni il valore di ritorno di controllo_orizz, avrai un valore compreso da 0 a 6(al minimo non hai nessuna serie nella matrice, al massimo ne hai sei). Se vuoi fare in modo che il programma richieda un nuovo carattere da ricercare nella stringa all'utente nell'if devi porre conteggio come > 0.
ma non passa alcun valore..
e giusto dentro la funzione è incrementato correttamente (ho controllato con un printf)
Hai controllato la variabile conteggio dopo averle assegnato il valore di ritorno della funzione controllo_orizz? Oppure hai soltanto controllato l'incremento della variabile "giusto" all'interno della stessa funzione? Perché il problema può essere, come ho detto sopra, che il tuo controllo(if(conteggio == 1)) sia falso nel momento in cui all'interno della matrice ci sono più di una sola serie. Prova a mettere if(conteggio>0) e vedi come va...