In linea di principio, dipende dal mouse. Tuttavia, il protocollo usato per il mouse PS/2 "classico" prevede al massimo tre pulsanti, e le estensioni IntelliMouse aggiungono il supporto per ulteriori due pulsanti (generalmente destro e sinistro) più altri due assi di movimento (fonte). Per questo motivo, per funzionare "al volo" come tasto centrale, credo che praticamente ogni mouse PS/2 abbia sempre collegato il click della rotella al segnale del tasto centrale, senza possibilità di distinguere via software (l'unica maniera che mi viene in mente per capire se è un "vero" terzo tasto o è una rotella cliccabile è verificare se il mouse supporta la rotella: in tal caso molto probabilmente il segnale del terzo tasto corrisponderà al click della rotella).

Con l'USB tutto può essere (da quanto ne so le API HID sono un casino ma consentono le opzioni più varie), ma anche lì credo che in genere non si faccia distinzione tra terzo tasto e click della rotella.

Al di sopra del livello puramente hardware, tutto dipende dal sistema operativo, e qui entra in gioco la domanda di oregon.

In ogni caso, cosa stai cercando di fare?