Ciao,
non credo che il malfunzionamento di php sia dovuto alla mancanza della favicon.ico...
probabilmente hai un errore nel tuo codice, ma non lo vedi perché php non ti mostra gli errori.

prova così:

Codice PHP:
<?php
error_reporting(1);
ini_set('display_errors','On');
questo abiliterà la visualizzazione degli errori.

Spero di esserti stato di aiuto