Le icone nel file .res sono 4:
1) ew 1033
2) news 1033
3) ns 1033
4) mainicon 1040 (questa è la mia icona)
Se utilizzo un programma per la rimozione delle prime 3 icone che sono quelle di default di windows (ResourceBuilder trovato nel disco originale di Delphi 2006) si modifica l'icona nella cartella di esplora risorse, ma se poi ricompilo il programma compare nuovamente l'icona di default di Windows.
Io penso che come hai detto tu c'è qualcosa che accade durante la compilazione del programma e allora ti chiedo : ma quand'è che il file .res subisce modifiche durante la compilazione? Potrebbe essere qualche libreria inserita nella sezione interface delle mie unit?