Nella pagina di verifica dei dati in caso di utente già presente ti basta semplicemente generare lo script da te postato e richiamarlo:

Codice PHP:
echo '
<script type="text/javascript">
    function confirmation() {
        var answer = confirm("Utente già presente! Modificarlo?")
        if (answer){
             window.open("modifica.php","login");
        }
        else{
             window.open("gestione.php","login");
        }
    }
    confirmation();
</script>
'