Nella pagina di verifica dei dati in caso di utente già presente ti basta semplicemente generare lo script da te postato e richiamarlo:
Codice PHP:
echo '
<script type="text/javascript">
function confirmation() {
var answer = confirm("Utente già presente! Modificarlo?")
if (answer){
window.open("modifica.php","login");
}
else{
window.open("gestione.php","login");
}
}
confirmation();
</script>
';