Ho preso e incollato il codice che mi hai scritto e ora funziona....come una CRETINA non avevo inserito questa riga:

Codice PHP:
echo('<script type="text/javascript">
                    function confirmation() {
                        var answer = confirm("Utente già presente in Desk! Modificarlo?")
                        if (answer){
                            window.open("modifica_utente.php","login");
                        }
                        else{
                            window.open("gestione.php","login");
                        }
                    }
                    confirmation(); <-- questa riga
                    </script>'
); 
Grazie mille