In alternativa puoi togliere la funzione:

Codice PHP:
<?php
echo '
<script type="text/javascript">
        var answer = confirm("Utente già presente! Modificarlo?")
        if (answer){
             window.open("modifica.php","login");
        }
        else{
             window.open("gestione.php","login");
        }
</script> 
'
;
?>