Un po difficile così senza vedere una riga di codice.
Io utilizzo queste risorse o plugin dei browser:
firebug
colorzilla
web developer tool bar
Aiutano parecchio nello sviluppo.

in pillole:
Il flusso dipende dal comportamento degli elementi o tag all'interno della pagina, ne esistono di 2 tipi:
elementi block
elementi inline

se all'interno del body ci sono due elementi di blocco allora andranno uno sopra l'altro, se invece ci sono 2 elementi inline, se la loro arghezza glielo consente, si disporranno sulla stessa linea.

Per modificare il loro "nativo" comportamento si utilizzano i css:
se hai un elemento inline, ad esempio span, ma lo vuoi utilizzare come un elemento di blocco, allora basta che usi la regola css display:block e cioè:
comportati come elemento di blocco.

Mettiamo che vuoi 2 colonne ed un footer:
colonna sinistra
colonna destra (contenuti)
footer

la prima la metti float:left
la seconda floar:right
ed al footer gli metti clear:both

clear lo strumento essenziale per "pulire il comportamento float".
Diverso è se usi la soluzione position.

Posta qualche riga di codice.