Se hai a disposizione una macchina Linux (o le GNU Utilities installate su Windows) ti direi di fare:
codice:
cat file1.txt file2.txt | sort | uniq -u
ovvero: concatena i due file e li ordina; a questo punto, le righe presenti in entrambi i file saranno duplicate e adiacenti - e uniq le rimuove, lasciando solo quelli presenti in uno solo dei due file.

(se nei file ci possono essere indirizzi duplicati:
codice:
cat file1.txt | uniq -u > temp1.txt
cat file2.txt | uniq -u > temp2.txt
cat temp1.txt temp2.txt | sort | uniq -u
rm temp1.txt temp2.txt
)

In alternativa, probabilmente tra un po' passerà di qui nicola75ss e ti fornirà una soluzione basata su PowerShell.