Sinceramente il mio consiglio è quello di iniziarti a vedere cosa sia possibile fare con i CSS3, studiarti un pò di transizioni per poi arrivare alle Keyframe Animation.

Tutte queste novità ti permetteranno di aggiungere non poche animazioni modificando gli stili degli elementi DOM con del semplice CSS3.

Successivamente se vedi che questi effetti sono troppo limitati per le tue necessità puoi sempre appoggiarti ai canvas, suggeriti da explosivdymamic e che supportano una delle API JavaScript che permettono di fare di tutto, oppure al dinamico SVG, che in questo caso ti permetterà comunque di creare le tue grafiche con programmi come Illustrator et simila.

Se vuoi qualche dritta chiedi pure!