VINDAV SIA LODATO!!!!
Funziona alla grande!!!
Posto il codice funzionante per chi volesse implementarlo:

Codice PHP:
<SCRIPT LANGUAGE="JAVASCRIPT" TYPE="TEXT/JAVASCRIPT">
<!--
popup = '<?php echo $_GET['popup'] ?>';
if (popup == 'true'){
   alert("Attenzione: Report già esistente per il mese selezionato");
}
//-->
</SCRIPT>