Beh... se vuoi sapere se per usare php è indispensabile avere java (lato server, suppongo intendi): no - non serve.
Non so cosa intendi esattamente con "logica di business", invece.

Sicuramente è un linguaggio molto flessibile (ha moltissime funzioni) e ha varie interfacce per collegarsi con diversi tipi di dbms.

Vantaggio... pro&contro ce ne sono sempre... dipende da troppi fattori e posta così la domanda secondo me è troppo generica... bisognerebbe inquadrare la cosa meglio per fare una valutazione. Ti posso dire che - secondo me - a "parità" (discutibile anche questo concetto, comunque...) di condizioni secondo me è meglio il php (gusti, magari).