È normale che scompaia: quel file viene creato per dare accesso esclusivo al database. Quindi o accede il Database Manager o la tua applicazione. Affinché la tua applicazione possa accedere al database quel file non deve esistere e verrà creato quando la tua applicazione accederà al database.

Sulla seconda domanda: trovi le istruzioni sia sulla wiki, sia studiandoti un po' di JDBC (c'è il tutorial sul sito della Sun/Oracle).

Ciao