Ciao, non credo ci sia nessun problema, come si vede dal codice che hai scritto quando la variabile di sessione $_SESSION['user'] non esiste esegue la parte presente dopo l'else, quella dove tu hai gli alert. Ovviamente quando tu provi ad accedere per la prima volta il sistema crea la variabile e non ti si ripresenta più il problema. Quindi non c'è nessun problema è il corretto funzionamento del codice per come lo hai scritto.