Dipende come avvengono gli aggiornamenti e i controlli di essi... suppongo che gli aggiornamenti principali avvengano con un "banale" caricamento ftp... in questo caso si dovrebbero avviare altre sessioni ftp sul server che "inviano" il file a tutti gli altri domini (sto supponendo ovviamente che i domini siano su server diversi, altrimenti non ci sarebbero questi problemi ovviamente). Questo "invio" dovrebbe essere effettuato manualmente richiamando lo script di aggiornamento (che può controllare le date dei files o - meglio - i checksum degli stessi, facendo una scansione delle cartelle interessate).
Se l'aggiornamento invece avviene in altro modo allora si può ragionare diversamente: se per esempio c'è un'area di "amministrazione" da cui si caricano i file aggiornato con un "upload", allora questo script caricherà il file sia localmente che in remoto.