...ma se i domini sono tutti sullo stesso server (l'ho buttata lì, ma un po' l'immaginavo :)) se hai un po' di accesso privilegiato, che senso ha avere copie dei file? non puoi fare una cartella condivisa comune per tutti? Tieni conto che i domini in un'installazione "standard" sono tutti sotto una cartella principale (es. "webroot"), quindi avresti:

webroot
- dominio1
- dominio2

tu potresti usare una cartella esterna o anche interna a uno dei domini e avere p.es.:
webroot
- dominio1
- cartella condivisa
- file1
- file2
- dominio2

in dominio2 per accedere ai file in php puoi usare i percorsi relativi di inclusione se vi accedi con include... è solo un esempio, ma se sei più preciso si può arrivare a un dettaglio