crea uno o piu' cron jobs che eseguano il seguente comando:

tar -cvpjf /media/disco_di_backup/backup.tar.gz /home/directory_sito_web

ti crea un file compresso backup.tar.gz in "/media/disco_di_backup" che contiene tutti i files, sotto-directory e relativi permessi, contenuti nella directory "/home/directory_sito_web"

Cambia i percorsi per adattarli ai tuoi.