Ho fatto questo, vedi se ti può essere di aiuto:
codice:
$frase = 'Nel mezzo del cammin (di nostra vita) mi ritrovai 
per una selva oscura che (la diritta (via) era smarrita). 
Ahi quanto a dir...';

preg_match_all('/(\(.*?\)[a-z- ]+\))/',$frase,$matches);
print_r($matches);
echo "stampa il contenuto di tutta la parentesi dove contiene altre 
parentesi";


echo "
";
preg_match_all('/(\([a-z0-9_.]+?\))/',$frase,$matches2); 
print_r($matches2);
echo "stampa quello che c'è nella parentesi interna";