Che figuraccia... vabbè, avrai capito che non avevo letto il tuo codice () convinto che quella era l'unica soluzione, ma che poteva non funzionare visto che stai su un hosting e qui php viene compilato in modalità safe mode... quindi il timeout è uno dei valori sui quali non puoi agire... e se il problema è proprio quello credo non ci sia soluzione... non puoi azzerare il computo del tempo di esecuzione di php.