Diciamo che se hai un sito complesso, che oltretutto non puo girare su un cms perché altamente personalizzato, dovresti non avere problemi a gestirne anche l'aspetto grafico, è importante che la realizzazione abbia separato bene la ui dall'implementazione in modo che puoi lavorare sulla grafica senza fare danni al codice.
In ogni caso ognuno ha le sue esigenze e secondo me hai 2 opzioni

1) farti scrivere i moduli che hai in asp.net in php come estensioni di WordPress, Joomla, o Drupal, in modo che hai tutto integrato compresa la gestione semplice della ui

2) leggendo la tua seconda opzione... probabilmente puoi mettere dei FRAME dentro wordpress che contengono i contenuti "BLANK" (senza stilizzazione) del tuo sito... ma è una cosa meno stabile e meno professionale.