ho risolto con l'esecuzione di "Pdftk " lato server lanciato da php
codice:
$file1="file1.pdf";
$file2="file2.pdf";
$fileName="file_finale.pdf";
$execString=("$file1 $file2");
$pdfMerge = exec("pdftk $execString cat output $fileName");
Grazie lo stesso