fammi solo capire, tu dici che

Siccome dovrei inserire i nomi dei files in un db vorrei poterli recuperare dall'array del ciclo e memorizzarli in due variabili distinte
ora, ad ogni giro che fai tu GIA' recuperi il nome del file (cioè la variabile valore[0])..ovviamente al primo giro recuperi il nome del primo file, al secondo giro il nome del secondo file.
Quindi, posto che il codice è migliorabile, già raggiungi l'obiettivo di recuperare i nomi dei file.

Ti basta quindi impostare un contatore (per esempio $i = 0) che ad ogni giro si incrementa (alla fine del ciclo metti $i++ e fai
$nomefile[$i] = $valore[0];