Prova con questi due modi differenti, ma egualmente funzionali:

codice:
Shell("cmd.exe /c @echo off & ilfilebatch.bat", AppWinStyle.NormalFocus)
codice:
Dim command As New Process ' Si crea l'istanza Process
command.StartInfo.FileName = "cmd.exe"
command.StartInfo.Arguments = " /c " & "ilfilebatch.bat"
command.StartInfo.CreateNoWindow = True / False 'qui si decide se verrà visualizzata la schermata del command prompt mentre esegue le istruzioni.
command.Start()