Grazie.Ha funzionato usando il suggerimento di k4osz con un piccolo accorgimento:
ho dovuto settare un variabile che poi ho controllato in fondo a tutto lo script della pagina quando ero certo che l'oggetto jquery era stato attivato dal codice successivo, altrimenti messo direttamente in quel punto non funzionava.

if ($pippo==100) {
$test = 1;
}

...
...
...
...
...


<?php if ($test==1) { ?>
<script text= type='text/javascript'>
$("....... ecc ......;
</script>
<?php } ?>