Il server è correttamente esposto su Internet o esistono firewall o altro?
Puoi connetterti con la porta che MySql utilizza (la 3306) ? Potresti provare a dare da dos il comando
TELNET indirizzoserver 3306
e vedere se risponde o hai un errore. Nel primo caso, qualcosa non va nel codice, nel secondo hai un problema di configurazione di rete lato client o lato server.