Con javascript non si può interagire con gli iframe, ma questo mi sa che lo sai.
Inoltre con javascript non si possono includere altri documenti, non si possono salvare file sul server, poco importa se il file è del documento attuale o di qualche file integrato.
Con javascript non si lavora MAI sui file del server, ma su ciò che viene scaricato lato client ed è visualizzato sul browser, che non è la stessa risorsa ottenuta dal server.