Ho risolto in parte così

Codice PHP:
<script>

function fornitori(codice) {

  if (codice < 9) { codice = "1000" + codice + ".txt"; }
  if (codice > 9) { codice = "100" + codice + ".txt"; }

  var nome = new Array();

  <?$var=file('..\..\mdb-database\clienti\clienti.txt');
  for ($i=0;$i<count($var);$i++) {
    $var[$i]=explode(";",$var[$i]);
    echo "nome[".$i."] = '" .$var[$i][1] ."';\n";
  }?>

  alert(nome[1]);
  deposito.fornitore.options[0].value=nome[1];
  deposito.fornitore.options[0].text=nome[1];
}

</script>
Praticamente alla funzione javascript passo la posizione del valore scelto nella prima select
che poi sarebbe la parte finale del file di testo che devo andare a leggere.... tipo se è stato selezionato il 12° valore della select, andrò a leggere il file 10012.txt

Questo lo faccio tramite la funzione javascript e popolo un array contenente i valori di questo file

Poi, popolerò la seconda select con tutti questi valori

Per ora ho messo nome[1] per prova.. e funziona
Il problema è che devo passare la variabile codice a php, perchè contiene il nome del file che deve aprire... e non riesco

Conosco il metodo post e get ma li userei se dovessi passare delle variabili javascript ad un'altra pagina php.. in questo caso la variabile mi serve all'interno della funzione javascript stessa