ciao, sinceramente non è molto chiaro, mi risulta strano che quando riduci ad icona viene cancellato il grafico,
Eppure è così! Probabilmente perchè ho disegnato il grafico tramite il metodo paintcomponent che viene richiamato automaticamente ogni volta che avviene una modifica.
secondo me dovresti cercare di capire perchè scompare invece di ridisegnarlo.
Detto questo invece di chiamare repaint() prova a chiamare validate() sul frame che forza il repaint su tutti i componenti contenuti in esso.
Non cambia nulla...