è chiaro che se devi poter attivare/disattivare lo script devi creare un'interfaccia cui esso risponda... ho capito il principio che hai utilizzato e - senza stravolgerlo - potresti molto semplicemente creare una console comandi basata su un file esterno, in pratica:

- lasci grosso modo il sistema com'è, ma in un punto critico (probabilmente all'inizio dell'intero ciclo) leggi un file (p.es. un ".txt") esterno (magari nella stessa cartella)
- questo script è una lista di azioni da rispettare

nel caso più semplice puoi avere un'unica parola nel file, p.es.:
play = esegui il ciclo
pause = salta l'esecuzione
stop = esci