Normalmente questi problemi si affrontano con un installer.

L'installer crea un solo eseguibile con tutto quello che serve e fa in modo che i vari eseguibili stiano al posto giusto senza particolari problemi.

Del resto, fare in altro modo potrebbe significare "mettere in allarme" un antivirus che potrebbe interpretare in maniera sbagliata l'eseguibile "composto" come un malware.