i permessi di lettura li ho impostati a 777 ma il problema continua ad esserci, inoltre ho anche provat a creare una cartella sito e eseguire
opendir('sito');

in questo caso non da problemi quindi credo che il problema sia il riferimento alla cartella corrente...

EDIT:
ho provato ad eseguire opendir('.') all'interno di una directory ed è andato tutto liscio quindi il problema si presenta solo quando eseguo opendir('.') nella cartella principale del sito