Puoi mettere un semplice controllo per impedire il richiamo delle pagine che non avviene tramite la index.
Ad esempio, nella index puoi definire una costante:

[PHP
define('PAGE_CHECK', 1);
...
[/PHP]

e nelle pagine richiamate tramite include puoi controllare che essa sia definita o meno ed agire di conseguenza:

Codice PHP:
defined('PAGE_CHECK') or die('Access denied.');
...