se usi server linux usa un cronjob per controllare i file nella cartella /mycartella/ e se ci sono spostali in /mycartella/files/, puoi utilizzare qualsiasi linguaggio, anche php.

Se invece vuoi fare l'operazione di sopra quando l'utente accede al sistema via web come io te lo sconsiglio perchè devi valutare il tempo che ti occorre per spostare i file, l'utente potrebbe scocciarsi se ci sono tanti file da spostare.