Credo tu abbia usato l'operatore sbagliato (maggiore al posto di minore o uguale); la condizione if viene soddisfatta se la dimensione è maggiore di zero, il che non è un errore (e difatti la variabile $_FILES["file"]["error"] contiene zero, ossia nessun errore.Codice PHP:
if($_FILES["file"]["size"]>0){
echo "Codice Errore: " . $_FILES["file"]["error"]."";
}