Per quanto riguarda l'upload, tu vuoi caricare il file pdf nel database oppure vuoi caricarlo in una cartella e nel database salvi il nome e il percorso?
Invece per quanto riguarda i permessi se sei in locale su windows non devi settarli, controlla solo che la cartella non sia impostata su "Nascosta" o "Sola lettura", se invece sei su linux allora devi impostarli.
Il problema potrebbe essere dovuto anche alla configurazione del php.ini o di apache. Non sono molto pratico su quanto riguarda la gestione di server.
Prova a usare lo stesso script su un tuo sito online e vedi se hai gli stessi errori.