Spero vivamente di sbagliarmi, ma uno dei motivi potrebbe essere che stia usando componenti AWT mescolati a componenti Swing (prova a postare una parte del codice in cui sono presenti i componenti in questione, ovvero quelli che non vengono "modificati" dal L&F).

Chiaramente, solo i componenti Swing vengono interessati dal Look & Feel e, in ogni caso, non si devono MAI mescolare con i componenti AWT.


Ciao.