Allora nel form con i checkbox metti un campo
echo "<input type='hidden' name='elementi' value='".$i."' />
in modo che così riporti il valore di $i allo script che riceve i dati, così puoi fare
$nomi = array();
for($i=0;$i<=$_POST['elementi'];$i++)
{
$nomi[] = $_POST['nomi'.$i];
}

Questo a grandi linee, poi dovrai aggiustarlo secondo le tue esigenze