Se usi mysql
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/...l-indexes.html

Attenzione che se gli indici vengono messi senza criterio rallentano al posto di velocizzare.
Ad esempio se fai molte query tipo
Select * from pippo where campo = X
Campo è un perfetto indice.
Cerca in tutte le clausole WHERE, ORDER BY, GROUP BY e DISTINCT per capire cosa mettere in indice.

Se le tabelle sono InnoDB ci sono anche gli indici cluster che sono più veloci, ma ti possono rallentare le insert.