Ciao per l'errore che ti mostra, il problema è descritto in questa pagina :
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/en/gone-away.html

Quindi a meno di cattive configurazioni SUL SERVER di Mysql, il problema potrebbe risiedere nel fatto che chiudi la connessione al DB e poi effettui una query su quel DB senza riaprire la connessione.

Ciau