I file .sql son dei file di testo che riproducono tutte le query necessarie per ricostruire il/i database. Non sono certo i file di mysql.

A seconda del motore usato da MySQL (InnoDB o MyISAM) ci sono diversi modi di memorizzare i dati.

Il motore MyISAM forma una cartella con il nome del database con dentro tre file per ogni tabella tab.MYD, tab.MYI, tab.frm che sono rispettivamente il file data, il file indice ed il file con il formato. Il file db.opt contiene le opzioni.

Il motore InnoDB invece forma solo la cartella\tab.frm cioe' con il formato della tabella mentre tutti i dati e gli indici sono tutti insieme con gli altri db-tabelle nei file ibdata e ib_logfile.

Quindi mentre per il MyISAM un backup sarebbe sufficiente farlo con la copia delle tabelle a server stoppato per essere sicuri di avere tutti i file chiusi, per le InnoDB e' assoluta la necessita' di eseguire il backup in modo da avere estrapolato tutte le tabelle dai suddetti file comuni.

Ma c'e' un pero': se cambiando la versione del server vai ad incocciare anche in una probabile modifica piu' o meno essenziale della struttura del database, delle tue copie dei file rischieresti di non farne piu' nulla. Quindi ci vuole sempre il backup specie se devi formattare l'HD.

Finito il pippone ti suggerirei di installare una grandiosa utility di mysql che puoi trovare qui:
http://dev.mysql.com/downloads/

ti scarichi ed installi mysql installer che provvede ad installare od aggiornare in modo automatico oltre al server mysql anche le altre utility. fra queste utility troverai anche mysql workbench che contiene SQL Development, Data Modelling (EER) e mysql Administrator. Con quest'ultimo potra amministrare totalmente il tuo server mysql, anche il backup/restore denominati come import/export dei dati.

Azzolina... che pippolone.