Se i database sono sullo stesso server, configuri un utente che abbia accesso a tutti e tre i Db, poi quando fai le varie select, anteponi il nome del db al nome delle tabelle
codice:
select database1.tabella1.*
from database1.tabella1
inner join database2.tabella2
on database1.tabella1.campo1 = database2.tabella2.campo3
where database1.tabella1.campo4 = valore
Così facendo puoi anche fare select su multi db